Descenso y ascenso inmediato

El 2013 se juega en el primer semestre un campeonato denominado de Transición, puesto que a partir del segundo semestre la temporada del fútbol chileno sería al estilo europeo, valga decir 2013/14. Por tal motivo el campeonato de Transición 2013 sería un campeonato anormal. Se jugaría un torneo de una rueda, es decir sólo 17 fechas; Otorgaría 1 descenso a la Primera B, el cual sería el equipo que promediaría en el Coeficiente de Rendimiento (puntaje dividido en partidos jugados)peor campaña en los últimos 3 temporadas de Primera División. En el caso de Arica el puntaje que obtuviese en el Transición se dividiría por la cantidad de partidos del torneo (17).

En 17 partidos el elenco dirigido por Luis Marcoleta obtuvo solamente 12 puntos (2 victorias, 6 empates, 9 derrotas), promediando un Coeficiente de Rendimiento de 0.705, números que posicionaron al equipo en el último puesto de la tabla del descenso, sentenciando así su regreso a la Primera B.

Tras el el descenso la dirigencia del club buscó rearmar el plantel y mantener a Luis Marcoleta como DT con el fin de retornar lo más rápido posible a la Primera División. Es así como el club despide a todo el plantel, recontratando sólo a los jugadores más destacados del plantel que estuvo en Primera (Pedro Carrizo, Daniel Mustafá, José Pedrozo, Augusto Barrios, Sebastián Rivera, Daniel Briceño,  Joel Estay).

En el clausura San Luis de Quillota (campeón del apertura) pierde terreno en la tabla anual. Coquimbo Unido se encamina en la parte alta tras una buena remontada que realizaría en el clausura, mientras que Barnechea de a poco se gana terreno para posicionarse en zona de liguilla. Por su parte San Marcos de Arica logra una remontada tras un mal comienzo en el clausura. Llegando a las fechas finales a disputar el liderado de la anual con Coquimbo Unido. En el último encuentro el elenco ariqueño necesitaba de un empate para coronarse como campeón y así lograr el ascenso. El rival de turno fue Lota Schwager, y ante un mundialista repleto, el elenco del Bravo conseguiría el punto que le bastaba para coronarse campeón tras igualar 1-1 con el cuadro del carbón con del gol de Renato González (1-0 transitorio). El 11 titular que saltó a la cancha el miércoles 14 de mayo fue: Pedro Carrizo, Augusto Barrios, José Pedrozo, Luis Alegría, Patricio Gutiérrez, Francisco Silva, Daniel Briceño, Sebastián Rivera, Renato González, Nicolás Medina, y Joel Estay.