El retorno al profesionalismo

El 2007 llega al banco de la celeste Miguel Ángel Alegre, un ex jugador de Deportes Arica que estuvo en primera División. Fácilmente San Marcos gana la Zona Norte, y luego elimina a Ovalle, Trasandino, y a Colchagua en la Final, luego de derrotarlo 2-1 como local y empatar 1-1 en San Fernando con la presencia de 600 ariqueños, y así alcanzar el título que traería de vuelta a la celeste ariqueña al profesionalismo. Destacaron las figuras del arquero Kroll Albiña, Cristopher Pulgar, Sebastián Calderón, Marcelo Coll, Patricio Huerta, David Allende, Jorge Elizondo, Gary López, Leandro Opazo, Juan Carlos Espinoza, Miguel Ángel Neira, Juan Carlos Zuñiga, Luis Rogel, y Yerko López entre otros.